目前，医学系拥有山东省立医院、齐鲁医院、山东省交通医院、山东省济钢总医院、新泰市人民医院、济南红十字眼科医院、济南市口腔医院、北京999急救中心等70余所二级甲等以上医院作为教学基地，能充分满足后期临床教学见习、实习的需要。医学系已与其中的多所医院建立了密切合作关系，通过联合办学、共建实训室，建立院中校等，让学生早期接触临床，加强实践能力的培养。优越的校内外实训、临床见习、实习等条件，先进的教育教学理念，使得各专业课的教学基本做到了教、学、做一体化。  

医学系贴近行业办学，与就业岗位接轨，与医院开展合作办学，建有3所院中校。学生在学校利用一年半的时间完成公共基础课及专业基础课的学习后，分别进入3所附属医院进行半年的专业课理论学习和临床见习，以及一年的临床实习，医院将会择优录用。部分实现了实习、就业一体化。  

另外，根据学生个人意愿和能力，通过学校协助，学生有机会到国外继续留学深造并就业。  

医学系采用请进来、走出去的方式多次承办学术交流会，经常性的派出教师赴国外研修和参加国际间的学术交流，系部各专业实力已具国内同类院校领先水平。